W dniach 29-31 maja 1917 z udziałem metropolity Andrzeja Szeptyckiego odbył się pierwszy synod, który uchwalił 68-punktowy kanon zasad działania Kościoła i mianował Leonida Fiodorowa jego egzarchą.
Prześladowania ze strony władz ZSRR Swobodny rozwój Kościoła katolickiego obrządku bizantyjsko-rosyjskiego trwał do stycznia 1923, kiedy egzarcha Fiodorow został aresztowany, osądzony jako kontrrewolucjonista i został skazany na 10 lat więzienia. Podobny los spotkał wielu innych księży, którzy w obozie starali się w miarę możliwości organizować życie religijne (czasowo otrzymali nawet prawo korzystania z kaplicy św. Hermana w dawnych zabudowaniach klasztornych na Wyspach Sołowieckich). Egzarcha Leonid Fiodorow, wypuszczony z więzienia po zakończeniu wyroku, zmarł trzy lata później w WiatceLeonid Fiodorow został w 2001 ogłoszony błogosławionym.. Mimo tego władze radzieckie w Moskwie zgodziły się na działanie objętej ścisłym nadzorem jednej parafii, która istniała do 1931. Arcybiskup Bartłomiej (Riemow) organizował również podziemny monaster św. Piotra, istniejący do 1935, kiedy został wykryty, jego przełożony skazany na karę śmierci, zaś mnisi na więzienie. W listopadzie 1923 aresztowane zostały również siostry ze wspólnoty matki Katarzyny razem z nią samą.