Nieliczne pozostałe na wolności zakonnice kontynuowały działalność w podziemiu. W 1937 w masowych egzekucjach stracono większość więzionych do tej pory w obozach duchownych rosyjskiego Kościoła katolickiego, podobnie zresztą jak duchownych innych wyznań.
W tym samym czasie trwała emigracja wiernych i duchownych Kościoła, którzy zdołali opuścić ZSRR. W 1928 powstał za ich sprawą drugi egzarchat w Harbinie w Chinach, a także silne ośrodki w Stambule, Paryżu, Brukseli, Berlinie, Monachium, Wiedniu, Rzymie, Buenos Aires, São Paulo, Londynie, Nowym Jorku, San Francisco, Los Angeles, Melbourne i Montrealu. Osoby związane z Kościołem były aktywne w rosyjskich kołach emigracyjnych także niezwiązanych z nim bezpośrednio. W 1927 powstało Russicum – emigracyjne seminarium duchowne dla przyszłych duchownych Kościoła katolickiego obrządku bizantyjsko-rosyjskiego. Nowym egzarchą Kościoła został natomiast brat Andrzeja Szeptyckiego, Klemens (Kliment), zmarły w 1951 w więzieniu stalinowskim. W 1936 ordynariuszem Kościoła został biskup , a po jego śmierci w 1958 – biskup Andriej Katkow. Piastował on to stanowisko do 1996.