Franco w Hiszpanii, do Serrano Suñera przylgnął obiegowy przydomek Cuñadísimo (kalka z Generalísimo, stopnia wojskowego noszonego przez Franco), co w wolnym tłumaczeniu oznacza „nadszwagra” albo „superszwagra”. Mimo iż Serrano Suñer opowiadał się za włączeniem Hiszpanii do grona państw Osi, Franco postanowił, że Hiszpania nie zaangażuje się w II wojnę światową. Hitler był rozczarowany faktem, że Serrano Suñer nie próbował wywrzeć wpływu na gen. Franco, by wesprzeć Niemcy i określił go mianem „grabarza nowej Hiszpanii”. Aby załagodzić spór z niemieckim przywódcą, Serrano Suñer zaproponował wysłanie ochotniczej hiszpańskiej Błękitnej Dywizji do walki u boku Niemców przeciwko Związkowi Radzieckiemu i komunizmowi.
W roku 1942 r., po przystąpieniu Stanów Zjednoczonych do wojny, a także po klęskach niemieckich na froncie wschodnim oraz incydencie w bazylice w Begonie, Serrano Suñer został zmuszony do rezygnacji z urzędu ministra spraw zagranicznych oraz prezesa rady politycznej Falangi. Po II wojnie światowej napisał do Franco list nawołujący, by zarezerwować w rządzie miejsca dla intelektualistów pozostających na uchodźstwie.