Istnieją przekazy, według których przymusowa konwersja parafii unickiej odbyła się przy czynnym oporze miejscowej ludności.
W 1899 prawosławni stanowili 14,6% mieszkańców siedmiotysięcznej Dubienki. Pod koniec XIX w. obiekt uległ całkowitemu zniszczeniu na skutek pożaru.
Cerkiew prawosławna z 1909 Na miejscu unickiej świątyni w Dubience w 1909 wzniesiona została nowa cerkiew. Należała do grupy cerkwi na ziemi chełmskiej ufundowanych przez moskiewskiego kupca Kławdija Paschałowa.
Po odzyskaniu przez Polskę niepodległości, w 1919 Ministerstwo Wyznań Religijnych i Oświecenia Publicznego nie uwzględniło cerkwi w Dubience w wykazie etatowych parafialnych świątyń w województwie lubelskim. W 1921 cerkiew pozostawała nieczynna, gdyż duchowni prawosławni i miejscowa ludność tego wyznania w 1915 udali się na bieżeństwo (w 1919 odnotowano sporadyczne otwieranie jej dla celów kultowych). Najpóźniej w 1923 dubieniecka cerkiew została ponownie otwarta jako świątynia filialna (nie jest jasne, której parafii), działająca w ramach dekanatu hrubieszowskiego diecezji warszawsko-chełmskiej. Była jedną z szesnastu czynnych cerkwi prawosławnych w powiecie hrubieszowskim. W latach 30.