Wyposażenie unickiej cerkwi w Mielniku było w znacznym stopniu zlatynizowane. Równocześnie cerkiew była jednym z pięciu unickich obiektów sakralnych w regionie, gdzie po synodzie zamojskim (lub w kolejnych dziesięcioleciach) nie zdemontowano ikonostasu. Na początku 1836 w cerkwi nie było natomiast typowych dla obrządku bizantyjskiego ksiąg liturgicznych, stołu ofiarnego i ołtarza oraz naczyń liturgicznych. Wymienione elementy wyposażenia zostały umieszczone w świątyni w czasie akcji delatynizacji unickiego obrządku na Podlasiu, przygotowującej konwersję unitów diecezji litewskiej na prawosławie. Jeszcze w tym samym 1836 dziekan drohiczyński informował konsystorz diecezjalny, że w cerkwi znajdował się już komplet utensyliów liturgicznych niezbędnych dla odprawiania nabożeństw prawosławnych. W 1838 unicki ikonostas został zastąpiony nowym;