Mimo problemów finansowych (Opoczyński nigdy w życiu się ich nie pozbył) nadal wegetował w najbiedniejszej części żydowskiej dzielnicy, nie prosząc o pomoc swojej siostry Riny Opper-Opoczyńskiej, mieszkającej wtedy w Stanach Zjednoczonych.
Po wybuchu II wojny światowej nadal mieszkał w Warszawie, pracując jako listonosz. Kontynuował pracę pisarską. Po utworzeniu przez Niemców getta warszawskiego tworzył Reportaże z warszawskiego getta, w których opisywał wydarzenia w Warszawie czasów okupacji.
Zmarł na tyfus w styczniu 1943. O losach jego żony i syna nic nie wiadomo.
Po śmierci Opoczyńskiego jego teksty (reportaże, opowiadania, miniatury, poezja oraz wspomnienia z I wojny światowej) zostały zamknięte w dwóch metalowych bańkach po mleku i zakopane w piwnicy budynku na Nowolipkach w Warszawie. Odnaleziono je podczas prac ziemnych w 1950. Rękopisy Opoczyńskiego, jako część Archiwum Ringelbluma znajdują się w Żydowskim Instytucie Historycznym w Warszawie. Część jego twórczości została wydana w Stanach Zjednoczonych sumptem jego siostry, natomiast w 1954 Bernard Mark wydał kilka wojennych reportaży Opoczyńskiego napisanych w języku jidysz.