We wrześniu 2008 Najwyższy Trybunał Wyborczy nie dopuścił Santosa do udziału w prawyborach prezydenckich Partii Liberalnej Hondurasu (PLH, Partido Liberal de Honduras). Argumentował to pełnieniem przez niego, jako wiceprezydenta Hondurasu, obowiązków głowy państwa w czasie nieobecności w kraju prezydenta Manuela Zelayi. 30 listopada 2008 w prawyborach PLH w zastępstwie Santosa wystartował i zwyciężył Mauricio Villeda. 14 grudnia 2008 Villeda wycofał się jednak ze startu w wyborach z ramienia Partii Liberalnej na rzecz Elvina Santosa. Po rezygnacji ze stanowiska wiceprezydenta, w lutym 2009 Kongres Narodowy ostatecznie zezwolił Santosowi na udział w wyborach prezydenckich jako kandydatowi Partii Liberalnej.
Po zamachu stanu w Hondurasie w czerwcu 2009 i obaleniu prezydenta Manuela Zelayi, Santos uznał przeprowadzenie wyborów w dniu 29 listopada 2009 za zgodne z prawem z powodu ich ogłoszenia przed Najwyższy Trybunał Wyborczy w maju 2009, w więc jeszcze przed dokonaniem przewrotu. 16 września 2009, razem z trzema innymi kandydatami, wyraził poparcie dla przedstawionego przez prezydenta Kostaryki Oscara Ariasa planu pokojowego, tzw. Porozumienia z San José, nie wezwał jednak bezpośrednio rządu tymczasowego Roberto Michelettiego do jego przyjęcia.