W 1925 biskup siedlecki Henryk Przeździecki czynił starania na rzecz przekazania cerkwi w Zabłociu parafii neounickiej. Działał także na rzecz przejęcia cerkwi w Kobylanach i KostomłotachOstatecznie Kościół neounicki uzyskał tylko cerkiew w Kostomłotach.. Część wiernych z Zabłocia faktycznie przyjęła katolicyzm w obrządku bizantyjsko-słowiańskim, w 1925 neounię przyjął także proboszcz parafii. Aby zapobiec utracie świątyni, Zabłocie odwiedził w listopadzie tego samego roku biskup Antoni (Marcenko). Ostatecznie w miejscowości powstała parafia neounicka, lecz jej siedzibą nie została cerkiew św. Mikołaja, a osiemnastowieczna kaplica na miejscowym cmentarzu.
W latach II wojny światowej cerkiew w Zabłociu była siedzibą jednej z dziesięciu parafii tworzących dekanat kodeński diecezji chełmsko-podlaskiej. Obiekt pozostawał czynny do wywózek prawosławnych Ukraińców w ramach Akcji „Wisła” w 1947. Bezpośrednio przed deportacją Ukraińców do cerkwi w Zabłociu i do monasterskiej cerkwi św. Onufrego w Jabłecznej uczęszczało 2788 wiernych;