Planowała wtedy studia medyczne.
Jej ojciec był niestabilny emocjonalnie, często stosował wobec rodziny przemoc, a jednocześnie groził samobójstwem, gdyż nie czuł się dość mocno kochany przez dzieci. Natomiast jej matka była nadopiekuńcza i nadmiernie uzależniająca, a także uzależniona od zakupów, których dokonywała ponad stan, ukrywając potem długi przed agresywnym mężem. Spielrein często była bita przez ojca, który stosował bicie jako karę za niewłaściwe zachowanie. Jako nastolatka zaczęła utożsamiać upokorzenie i ból fizyczny z przyjemnością seksualną. Również na widok bitych braci czuła podniecenie seksualne i lęk przed śmiercią. Pod wpływem opisanych traumatycznych przeżyć rozwinęły się u niej epizody lęku, koszmary nocne i przywidzenia, słyszała także głosy wypowiadające przykre dla niej treści.
Z powodu napadu paniki w 1904 roku została przyjęta do kliniki Burghölzli, uznawanej wtedy za najbardziej innowacyjną placówkę psychiatryczną w Europie. Tam też została poddana psychoterapii przez Carla Gustava Junga, w wyniku której jej samopoczucie znacząco się poprawiło. W efekcie Spielrein zaczęła asystować Jungowi i innym lekarzom w projektach badawczych, zaczęła też czytać publikacje naukowe i korespondować z asystentkami rosyjskich psychiatrów.