Według Petera Loewenberga, historyka psychoanalizy i biografa Spielrein, jej relacje z Jungiem przekroczyły akceptowane ramy relacji lekarz–pacjent i było to powodem zakończenia współpracy Junga z jego przełożonym, Eugenem BleuleremLoewenberg P: The Creation of a Scientific Community: The Burghölzli, 1902-1914. Fantasy and Reality in History, s. 46–89. Oxford and New York: Oxford University Press, 1995.. Z kolei według nowszych badań Lothane’a związek Spielrein i Junga, chociaż intymny, nie przyjął charakteru erotycznegoLothane: Refleksje o miłości i seksie. Neuropsychiatria. Przegląd Kliniczny 2011; 3(4): 133-138..
Pod wpływem Junga Spielrein zaczęła studia medyczne, które ukończyła w 1911 r. na Uniwersytecie ZuryskimDie Matrikeledition der Universität Zürich. i w tym samym roku jako pierwsza kobieta obroniła doktorat w dziedzinie psychiatrii na podstawie pracy o przypadku schizofrenii. W październiku 1911 r. osiadła w Wiedniu. Zaraz też przystąpiła do kierowanego przez Sigmunda Freuda Wiedeńskiego Towarzystwa Psychoanalitycznego, w którym prowadziła wykłady m.in. na temat destrukcji i popędu śmierci, które to poglądy Freud wpierw odrzucił, a w 1920 r. uznał za własne.