Inne zmiany w konstrukcji płatowca objęły między innymi przebudowę statecznika pionowego i zwiększenie rozpiętości stateczników poziomych o 2,82 metra; ogół zmian spowodował wzrost masy o około 7000 kilogramów. Załogę stanowiło dziesięć osób.
Zdalnie sterowana wieżyczka podkadłubowa okazała się jednak niewystarczająco skuteczna ze względu na małą celność prowadzonego z niej ognia, toteż począwszy od 113. egzemplarza instalowano wieżyczkę kulistą Sperry z dwoma karabinami maszynowymi kalibru 12,7 mm i zapasem amunicji aż 571 szt. na lewy karabin, oraz 475 szt. na prawy (inne źródło amerykańskie podaje ilość 500 szt. na każdy). Miała ona średnicę 112 centymetrów (44"), strzelec wsuwał się do niej, kiedy samolot był w powietrzu, i przyjmował pozycję embrionalną pomiędzy dwoma karabinami umieszczonymi z boków wieżyczki. W warunkach bojowych strzelcy dolni musieli spędzać w wieżyczkach wiele godzin bez ustanku, przez co byli zmuszeni oddawać mocz do ubrania, co z kolei skutkowało odmrożeniami pleców, pośladków i ud. Ze względów bezpieczeństwa przebywanie w wieżyczce podkadłubowej podczas startu było ściśle zakazane. Wieżyczka podkadłubowa miała sterowanie elektryczne, strzelec obracał ją za pomocą pedałów. thumb|Kulista wieżyczka podkadłubowa z dwoma karabinami maszynowymi Pierwsze B-17E dostarczono w listopadzie 1941 roku do 7.