Grupy Bombowej. Do maja 1942 roku zbudowano 512 Flying Fortressów w wariancie E. W połowie 1942 roku do Wielkiej Brytanii dostarczono czterdzieści pięć B-17E (oznaczenie lokalne Fortress Mk. II); część B-17E przeznaczonych dla RAF-u trafiła jednak do służby w amerykańskich siłach zbrojnych. Poszukując sposobów zwiększenia skuteczności B-17 w atakowaniu okrętów podwodnych, Brytyjczycy wyposażyli jedną maszynę w działo Vickers S kalibru 40 milimetrów. W grudniu 1943 roku trzy B-17E trafiły do służby w kanadyjskich wojskach lotniczych jako maszyny transportowe, II wojnę światową przetrwały dwa egzemplarze.