Prawo patronatu nad tym obiektem podzielone było początkowo (do 1600 r.) między radę miejską a starostów z rodziny Kościeleckich, później pozostawało w wyłącznej gestii burmistrza i rajców.

Ołtarz Najświętszej Marii Panny wraz z obrazem znajdował się do końca XVIII wieku w nawie północnej świątyni, podczas gdy w prezbiterium znajdowało się malowidło Trójcy Świętej i patronów kościoła – św. biskupów Marcina i Mikołaja. Od XVI wieku w związku z budową w farze nowych ołtarzy (do 1772 r. było ich 13) do tytulatury piętnastowiecznego obiektu wprowadzano różnicujące określenia. W 1527 r. nazwano go ołtarzem Marii Panny Wniebowziętej, a od połowy XVII do początku XIX wieku ołtarzem Ofiarowania Najświętszej Marii Panny.

W latach 1819–1829, podczas gruntownej renowacji kościoła farnego, przeprowadzonej na koszt Królestwa Prus, ołtarz wraz z obrazem przeniesiono z nawy północnej do prezbiterium, gdzie odtąd pełni rolę ołtarza głównego.