W trakcie regularnych patroli, pociski te nie były wyposażone w przeznaczone dla nich głowice nuklearne RDS-4 o mocy 10 kt, które przechowywane były na lądzie z możliwością zainstalowania w pociskach w razie zagrożenia atakiem. Tymczasem w 1955 roku Siergiej Korolow podjął decyzję o przeniesieniu prac nad pociskami balistycznymi dla okrętów podwodnych z OKB-1 do specjalnego biura konstrukcyjnego SKB-385 kierowanego przez Wiktora Makijewa, co pozwoliło Korolowowi skoncentrować się na strategicznych pociskach o większym zasięgu oraz programach kosmicznych. Po przeniesieniu programu pocisków dla okrętów podwodnych do SKB-385, biuro to rozpoczęło prace nad systemem rakietowym D-2, składającym się z nowego pocisku R-13 oraz nowej serii okrętów podwodnych projektu 629 (NATO: Golf). R-13 o zasięgu 650 km, napędzany był silnikiem na paliwo ciekłe i podobnie jak R-11 wystrzeliwany z powierzchni. Okręty dla których były przeznaczone, miały taki sam napęd spalinowo-elektryczny jak współczesne im okręty projektu 641 (kod NATO: Foxtrot).