W marcu 1903 otrzymał godność wikariusza eparchii petersburskiej. W tym okresie uczestniczył w prowadzonych w środowiskach inteligenckich dyskusjach o przyszłości prawosławia i możliwych reformach w Cerkwi rosyjskiej. W 1908, za publikację tekstów, w których bronił trójpodziału władz, został zmuszony do osiedlenia się w Ławrze Troicko-Siergijewskiej. W 1913 został biskupem władykaukaskim i mozdockim, jednak w 1917 został przeniesiony do moskiewskiego Monasteru Objawienia Pańskiego z uwagi na zły stan zdrowia. W tym czasie zaczął opracowywać projekty koniecznych jego zdaniem zmian w liturgii prawosławnej i wprowadzać je do odprawianych nabożeństw. Za te działania otrzymał w 1921 od patriarchy Tichona zakaz publicznego odprawiania nabożeństw.
Żywa Cerkiew W 1921 uczestniczył w pracach Komitetu Pomocy Głodującym, gdzie poznał wielu bolszewików, w tym Michaiła Kalinina. Jego poglądy w sprawie reform w Cerkwi sprawiły, że został uznany za godnego zaufania przez rząd i poproszony o dokonanie ekspertyzy teologicznej w sprawie planowanej konfiskaty cennych przedmiotów przechowywanych w cerkwiach na potrzeby pomocy ofiarom głodu. Biskup uznał takie działanie za możliwe i godne pochwały, co było wielokrotnie podkreślane przez władze w czasie protestów wiernych w czasie przeprowadzanych konfiskat.