We wrześniu statki 1 dywizjonu uczestniczyły w ewakuacji Kazania, wywożąc do Samary m.in. wielkie zapasy złota i środków finansowych. Wkrótce 1 i 3 dywizjony odpłynęły na rzekę Kamę, a stamtąd na Białą. Natomiast 3 dywizjon działał w rejonie Samary, wspierając ewakuację z miasta wojsk białych. 8 października jego statki zostały rozbrojone, działa i karabiny maszynowe wsadzone na wagony i odprawione na Syberię. Jednakże w Ufie wagony z uzbrojeniem przejął gen. S. N. Liupow, który postanowił wykorzystać je do własnych celów. Między nim a dowództwem Flotylli Wołżańskiej doszło do silnego konfliktu, w wyniku którego kontradmirał G. K. Stark został oddany pod sąd polowy za rzekome samowolne wysłanie statków flotylli na rzekę Białą.
4 listopada stanowisko Ministra Wojny i Morskiego objął adm. Aleksandr W. Kołczak. Wziął on dowództwo flotylli pod swoje skrzydła, zwalniając jednocześnie kontradmirała G. K. Starka z wszelkich zarzutów. Po "zamachu stanu" w Omsku 18 listopada, po którym adm. A. W. Kołczak objął najwyższą władzę na Syberii, wagony z uzbrojeniem Flotylli Wołżańskiej ruszyły z Ufy do punktu docelowego. Około 200 marynarzy flotylli zostało odkomenderowanych do Krasnojarska, gdzie była formowana Samodzielna Brygada Strzelców Morskich.