Po częściowym uporządkowaniu stosunków między Rosyjskim Kościołem Prawosławnym a rządem w 1943 patriarcha Moskwy wysunął propozycję formalnego zjednoczenia z Rosyjskim Kościołem Prawosławnym za granicą (poprzez uznanie prymatu patriarchy przez ten ostatni). Kościół za granicą odmówił jednak, stwierdzając, że ZSRR jest nadal państwem ateistycznym, nie może zatem jednoczyć się ze strukturą kościelną, która z nim współdziała.
Nieprzychylne stosunki między obydwoma Kościołami utrzymały się także po upadku ZSRR. Hierarchowie Rosyjskiego Kościoła Prawosławnego za granicą oskarżali całą hierarchię Rosyjskiego Kościoła Prawosławnego o współpracę z KGB i starali się powoływać na terenie Rosji własne placówki duszpasterskie. Obydwa Kościoły kilkakrotnie weszły w otwarty konflikt na tle przynależności poszczególnych parafii i klasztorów, np. na terenie Palestyny.
Zjednoczenie z Rosyjskim Kościołem Prawosławnym thumb|250px|Metropolita Ławr i patriarcha moskiewski Aleksy II W 2000 zwierzchnik Rosyjskiego Kościoła Prawosławnego za granicą metropolita Ławr zaczął wskazywać na konieczność unifikacji obydwu struktur.