Od 1556 Niderlandy weszły pod władanie hiszpańskich Habsburgów. Trwał intensywny rozwój gospodarczy kraju, zwłaszcza części południowej. W XV w. kupcy niderlandzcy wyparli Hanzę z Morza Bałtyckiego. W XVI w. Antwerpia stała się europejskim centrum finansów. Rozwijały się porty, które dzięki związkom z Hiszpanią, mogły wziąć udział w handlu kolonialnym. Cesarze Habsburscy – Maksymilian i Karol V kontynuowali dzieło jednoczenia i centralizacji wszystkich 17 prowincji Niderlandów. Podatny grunt w miastach znalazła reformacja, zwłaszcza jej nurt kalwiński. Za rządów Karola V protestanci cieszyli się względną swobodą.
W 1556 syn i następca Karola V – Filip II, rządzący także w Hiszpanii, rozpoczął prześladowania religijne, nastąpiło łamanie praw i przywilejów oraz ucisk fiskalny; doprowadziło to do powstania opozycji. Namiestniczka króla – Małgorzata Parmeńska, nie zdołała rozładować sytuacji. W latach sześćdziesiątych doszło do buntów i zamieszek. W 1566 powstał ruch obrazoburczy, zaczęto atakować kościoły katolickie. Przysłany na czele wojsk hiszpańskich książę Alba (1567) rozpoczął rządy terroru, na skutek czego wielu przeciwników króla wyemigrowało, m.in. Wilhelm Orański.