Na emigracji sformowały się siły zbrojne, w kraju samorzutnie powstawały oddziały partyzanckie zwane gezami.

W 1568 rozpoczęła się długotrwała wojna osiemdziesięcioletnia o niepodległość Niderlandów 1568–1648 w). W styczniu 1579 południowe prowincje Artois, Hainaut i walońska część Flandrii podpisały unię z Arras, w której deklarowały lojalność wobec Filipa II i Kościoła katolickiego, a kilkanaście dni później, siedem prowincji północnych Holandia, Zelandia, Fryzja, Utrecht, Geldria, Overijssel, Groningen i największe, protestanckie miasta południowe (m.in. Gandawa, Ypres, Brugia oraz Antwerpia zawarły Unie utrechcką. W 1581 Stany Generalne, skupiające sygnatariuszy unii utrechckiej, ogłosiły w Hadze deklarację o pozbawieniu Filipa II praw do rządzenia Niderlandami, a tym samym o wyzwoleniu się od Hiszpanii. W 1588 Stany Generalne zdecydowały o utrzymaniu republikańskiego ustroju nowego państwa Republiki Zjednoczonych Prowincji, potocznie zwanych Holandią. W 1585 wojska hiszpańskie zdołały opanować południowe prowincje, w tym Antwerpię, co spowodowało ostateczny podział kraju. W 1609 podpisano rozejm, a w 1648 Hiszpania uznała niepodległość Holandii.