Chrystianizacja ziem słowackich, zapoczątkowana przez misjonarzy z Bawarii w księstwie Pribiny, była kontynuowana w państwie wielkomorawskim w obrządku słowiańskim za sprawą Cyryla i Metodego i wznowiona w rycie łacińskim pod panowaniem węgierskim za Stefana I Świętego. Od XI w. południowa, naddunajska Słowacja była zasiedlana przez ludność węgierską. W następnym stuleciu osiedlali się tam także koloniści z Niemiec. Nasilenie kolonizacji (także wołoskiej) nastąpiło w drugiej połowie XIII w. po najazdach mongolskich. Osadnictwo polskie (gł. na Spiszu i Orawie) trwało od XV w.

Kraj dzielił losy Królestwa Węgierskiego. Po wygaśnięciu dynastii Arpadów w 1301 znalazł się pod panowaniem Andegawenów (XIV w.), Luksemburgów, następnie był obszarem rywalizacji Habsburgów i Jagiellonów w XV w.

Pod panowaniem Habsburgów W 1526 znalazła się pod panowaniem Habsburgów. Po zajęciu środkowych Węgier przez Turków (1541) na Słowację, do Trnavy przenieśli się arcybiskupi Esztergomu, a do Preszburga węgierski sejm. Od XVI w. na Węgrzech i Słowacji rozprzestrzeniała się reformacja. Rekatolizacyjne działania Habsburgów, połączone z wprowadzaniem absolutyzmu, przyczyniły się do poparcia przez tamtejsze społeczeństwo kilku antyhabsburskich powstań, kierowanych przez władców Siedmiogrodu.