Przebudowa w okresie pruskim Dużych zniszczeń doznał kościół w 1812 r. w czasie pobytu wojsk rosyjskich. W 1817 r. władze pruskie dokonały kasaty klasztoru, jednak wywłaszczenie własności kościelnej nastąpiło dopiero po śmierci ostatniego zakonnika ojca Nagabczyńskego w 1829 r. Wtedy władze pruskie przekazały świątynię gminie ewangelickiej (1830), a klasztor ewangelickiemu seminarium nauczycielskiemu. Zlikwidowano wtedy arkadowy dziedziniec klasztorny oraz krużganki łączące kościół z klasztorem. W latach 1840–1860 zamieniono go na magazyn mebli, słomy, a nawet wytwórnię naboi. W 1838 r. podjęto decyzję o przemianowaniu kościoła na garnizonowy – dla żołnierzy wyznania katolickiego i ewangelickiego (niem. Simultankirche). Wtedy Prusacy zburzyli kaplicę loretańską. Również wnętrze kościoła zostało poważnie przebudowane.
W latach 1864–1866 kościół został gruntownie odrestaurowany według projektu Ferdinanda von Quasta na koszt Królestwa Prus. Główną inwestycją była przebudowa zachodniego szczytu kościoła w stylizacji neogotyckiej. Powstała wtedy okrągła wieża, kruchta oraz neogotycki szczyt zachodni.
Świątynia garnizonowa Funkcja garnizonowa kościoła pozostała po odzyskaniu niepodległości w 1920 r. i temu celowi kościół służy aż do dziś.