Historia Początki kościoła Początki kościoła związane są z przybyciem w 1615 r. sióstr klarysek do Bydgoszczy. W miejscu, gdzie wzniesiono kościół Klarysek, pierwotnie znajdował się zbudowany z drewna dębowego kościół szpitalny św. Ducha, ufundowany przez mieszczan bydgoskich w 1448 r. W 1522 r. zdecydowano o budowie w jego miejscu świątyni murowanej, ale rzeczywiste prace rozpoczęto dopiero w 1582Bartoszyńska-Potemska Albina: Dzieje i architektura kościoła i klasztoru Klarysek w Bydgoszczy. [w.] Prace komisji sztuki t. I: Bydgoskie Towarzystwo Naukowe. Prace Wydziału Nauk Humanistycznych. Seria D: 1965
Kościół powstał poprzez nadbudowę stojącej tu od 1582 r. murowanej świątyni św. Ducha. Budowa murów tej świątyni trwała do ok. 1590 r., a wnętrza wyposażono do 1602 r. W latach 1602–1618 była ona samoistną budowlą. Dopiero po ustanowieniu w 1615 r. klasztoru klarysek w Bydgoszczy i darowiźnie w 1616 r. przez radę miejską Bydgoszczy nieruchomości na przedmieściu Gdańskim, rozpoczęto budowę nawy i od tej chwili dawny kościół św. Ducha stanowi prezbiterium kościoła Klarysek. Nawę dobudowano do zachodniej ściany, w której znajdowało się wejście do kościoła.