Wejście to musiano wyburzyć, znacznie powiększyć tworząc ostrołukową tęczę, łączącą prezbiterium z nawą.
Przez lata świątynię rozbudowywano dokonując jego adaptacji dla potrzeb sióstr (m.in. w nadbudowanej zakrystii usytuowano chór). W 1636 r. ołtarz główny dla kościoła ufundowała Anna Modlibogowa z Kruszyna. 21 września 1645 roku odbyła się uroczystość konsekracji rozbudowanego kościoła św. Ducha, którą przeprowadził sufragan włocławski Piotr Mieszkowski w asyście opata cystersów koronowskichKościół katolicki w Bydgoszczy. Kalendarium. Praca zbiorowa. Autorzy: Borodij Eugeniusz, Chamot Marek, Kabaciński Ryszard, Kutta Janusz, Pastuszewski Stefan. Świątyni dodano wtedy patronów: św. Wojciecha, św. Klarę, św. Barbarę, a w ołtarzu zapieczętowano relikwie św. Wojciecha, św. Barbary oraz Rufiny i Perpetui – męczenniczek.
W 1646 r. bryłę kościoła wzbogaciła kaplica kapłańska, ufundowana przez burmistrza Bydgoszczy Wojciecha Łochowskiego z bogatą, renesansową attyką oraz kryptą dla zakonnic (kaplica ta istnieje do dzisiaj). Powstały też nowe elementy we wnętrzu kościoła: w 1651 r. krata żelazna oddzielająca prezbiterium od nawy, a w 1661 r.