tablica nagrobna założycielki, Anny z Rozdrażewa Smoszewskiej.
Strategiczne położenie klasztoru i kościoła przy drodze prowadzącej od północy w kierunku klasztoru Karmelitów i dalej przez most do miasta spowodowało, że w latach 40. XVII wieku, w południowo-zachodnim narożu nawy dostawiono kilkukondygnacyjną wieżę, zwieńczoną barokowym hełmemBartowski Krzysztof: Najstarszy kościół szpitalny w Bydgoszczy, a klasztor ss. Klarysek – zarys dziejów i problematyki konserwatorskiej. [w.] Materiały do dziejów kultury i sztuki Bydgoszczy i regionu. Zeszyt 7. Bydgoszcz 2002. Posiadała ona w dolnej kondygnacji otwory strzelnicze dostosowane do używanej w tamtym okresie broni palnej.
W 1730 r. z funduszy ofiarowanej przez Helenę Zkoraczewską Złotnicką, przebudowano wszystkie okna w kościele, zaś w 1746 r. wzniesiono nieistniejącą dzisiaj kruchtę kościelną, z wielkim i małym wejściem.