Pierwotny kształt świątyni mógł być zarówno drewniany, jak i murowany, o czym świadczą badania wykopaliskowe fundamentów kościołaM. Wiewióra, Ze studiów nad kościołem św. Idziego w Bydgoszczy [w:] Komunikaty archeologiczne, tom VI, 1994.. W każdym razie kościół uległ przebudowie w II połowie XIII wieku, a końcowa wersja architektury kościoła posiadała elementy murowane gotyckie. Stał on przy starym trakcie komunikacyjnym, który prowadził z Kujaw na Pomorze przez wyspę zamkową i most na Brdzie.
W okresie XV–XVIII wieku kościół św. Idziego nazywany był przez wizytatorów i proboszczów matką kościołów bydgoskich. Przypuszcza się, że do chwili ukończenia budowy miejskiego kościoła parafialnego (koniec XIV w.), funkcje te spełniała świątynia św. Idziego. Garnizon zamku posiadał natomiast własną kaplicę na terenie warowni.
Kościół został spalony podczas najazdu krzyżackiego w 1409 r., po czym wielokrotnie odbudowany i przebudowywany. Wiosną 1425 r. w obecności króla Władysława Jagiełły, w kościele św. Idziego, wobec faktu, że kościół farny był w ruinie, rajcowie bydgoscy złożyli przysięgę wierności władcy oraz jego synowi Władysławowi. W okresie 1425–1474 świątynia ponownie pełniła funkcję miejskiego kościoła parafialnego, gdyż odbudowywano wtedy spalony kościół farny