W latach 1502–1583 kościołek służył pensjonariuszom szpitala św. Stanisława na Przedmieściu Kujawskim, do czasu gdy zbudowali oni własną kaplicę. Prawdopodobnie właśnie z tym faktem związana jest kolejna przebudowa w murowanej formie gotyckiej oraz powtórna konsekracja świątyni w 1537 r. pod wezwaniem św. Idziego i Marii Magdaleny. Konsekracji tej dokonał biskup Jan, sufragan włocławski, poświęcając kościół, ołtarz główny z wizerunkiem Najświętszej Marii Panny i św. Anny oraz cmentarz otaczający świątynię. Poszerzył jednocześnie listę patronów kościoła o św. Macieja Apostoła, św. Stanisława, św. Marię Magdalenę oraz św. Martę. Ze świętami patronów oraz większymi świętami kościelnymi związał odpusty, jakie można było uzyskaćKościół katolicki w Bydgoszczy. Kalendarium. Praca zbiorowa. Autorzy: Borodij Eugeniusz, Chamot Marek, Kabaciński Ryszard, Kutta Janusz, Pastuszewski Stefan..