Wieże kościoła dostawione później (w latach 1650-1652 i 1690-1695) posiadały okazałe barokowe hełmy nałożone (nie przytwierdzone) na szczyty wież. W latach 1880-1882 dokonano neogotyckiej stylizacji fasady i wież kościoła.
W 1850 w kościele zostały zainstalowane dwa obrazy wybitnego malarza Maksymiliana Piotrowskiego: św. Ignacy Loyola – w ołtarzu głównym, Niepokalane Poczęcie Najświętszej Marii Panny – w ołtarzu kaplicy prawej. Ponadto kaplicę Matki Boskiej ozdabiał obraz Antoniego Procajłowicza, a wnętrze kościoła zdobiły dzieła rzeźbiarza poznańskiego, Władysława Marcinkowskiego.
Relikty świątyni Relikty wyposażenia kościoła znajdują się obecnie na wyposażeniu innych świątyń: obraz św. Ignacego Loyoli M. A. Piotrowskiego, który znajdował się w ołtarzu głównym – w kościele jezuitów w Jastrzębiej Górze, obraz M.A. Piotrowskiego „Niepokalane Poczęcie Najświętszej Marii Panny” – w kościele Świętych Apostołów Piotra i Pawła w Bydgoszczy, obraz Najświętszego Serca Jezusa, ławy, konfesjonały – w kościele katedralnym w Bydgoszczy, cudowny krzyż z ołtarza głównego – w kościele katedralnym w Bydgoszczy (od 1806 r.) ołtarze św. Józefa i św. Wojciecha, świecznik, tabernakulum – w kościele pw. św. Wincentego a’Paulo w Bydgoszczy, ołtarz św. Antoniego i ambona – w kościele św.