Nowe starania o odbudowę kościoła i pierzei datują się na lata 80. XX wieku. W 1990 roku zawiązał się Społeczny Komitet Rekonstrukcji Zachodniej Pierzei Starego Rynku w Bydgoszczy. Obecnie istnieją dwa zasadnicze nurty społeczne: zwolennicy wiernego odtworzenia kościoła i pierzei, stawiający na pierwszym miejscu szacunek dla tożsamości historycznej miasta, gdyż współczesna architektura uniwersalistyczna nie może udźwignąć ciężaru historii w tym miejscu, zwolennicy tzw. twórczego odtworzenia (budowy w stylu współczesnym), łącząc szacunek dla historii z dziełem współczesnego pokolenia.
Architektura Kościół jezuicki został wzniesiony w rzadkim w Polsce stylu klasycyzmu palladiańskiego. Była to odmiana późnego renesansu (manieryzmu) wprowadzona przez włoskiego architekta Andrea Palladio, którego wyznawcą był budowniczy świątyni Wojciech Przybyłkowicz.
Kościół był budowlą jednonawową, salową o długości 36,5 m i szerokości 13,4 m wkomponowaną w zachodnią pierzeję Starego Rynku. Posiadała dwie kaplice boczne: Matki Boskiej i św. Józefa. Wnętrze kościoła utrzymane było w stylu baroku. W kamiennym ołtarzu umieszczono cudowny krzyż podarowany przez biskupa Kaspra Działyńskiego.