Ogłosił łącznie 28 publikacji dotyczących raków, m.in. Nowa metoda stosowana w badaniach nad biologią raków ("Ekologia Polska", seria B, tom 8, zeszyt 4, 1962), Porównanie kilku wskaźników morfometrycznych u trzech gatunków raków z wód polskich ("Roczniki Nauk Rolniczych", seria B, tom 81, zeszyt 2, 1962). W 1966 nakładem Państwowego Wydawnictwa Rolniczego i Leśnego wydał monografię Raki, która doczekała się kilku przekładów zagranicznych. Zasługą Kossakowskiego było sprowadzenie do polskich wód szwedzkiego raka sygnałowego Pacifastacus leniusculus Dana.
Józef Kossakowski należał do Międzynarodowego Towarzystwa Astakologów (International Association of Astacology) i uczestniczył w jego kongresach. Pośmiertnie (w 1990 r.) został honorowym członkiem tego Towarzystwa. Brał udział w pracach Europejskiej Komisji Doradczej ds. Rybactwa Śródlądowego przy FAO (EIFAC/FAO). Był członkiem Towarzystwa Przyjaciół Nauk o Ziemi, Polskiego Towarzystwa Hydrobiologicznego, Towarzystwa Rozwoju Ziem Zachodnich. W 1981 przeszedł na emeryturę, kontynuując współpracę z Instytutem Rybactwa Śródlądowego i jego Zakładem Upowszechniania Postępu jako redaktor serii rybackiej "Roczników Nauk Rolniczych". Był odznaczony m.in. Srebrnym i Złotym Krzyżem Zasługi oraz Krzyżem Kawalerskim Orderu Odrodzenia Polski.