W XVI-XVII wieku przy porcie miejskim istniała stocznia rzeczna, w której naprawiano szkuty oraz spichlerze o trudnej do ustalenia liczbie.
Kronikarze bernardynów bydgoskich, a za nim również burmistrz Wojciech Łochowski na początku XVII wieku pisali:
Spichlerze użytkowane na obu nabrzeżach Brdy były własnością mieszczan, ale nie wszystkie, gdyż niektóre z nich należały do szlachty, gdańszczan, czy też biskupstwa gnieźnieńskiego.
Po rozbiorach Polski rola handlowa Bydgoszczy nie zmalała. Co prawda handel wiślany uległ ograniczeniu, ale w zamian powstała nowa droga wodna Wisła-Odra przez Kanał Bydgoski, Noteć i Wartę. W Bydgoszczy powstał Węzeł Wodny, wykorzystywany przez następne 200 lat dla transportu towarowego. W związku z tym w latach 1772–1800 powstało w Bydgoszczy szereg nowych spichlerzy, które w części zachowały się do dzisiaj.
Budynki stojące z reguły na nabrzeżach Brdy oraz na Wyspie Młyńskiej, początkowo służyły do magazynowania produktów spożywczych i rolnych, przeładowywanych ze statków i barek. Po 1851 r.