coraz większe znaczenie posiadał transport kolejowy, wobec czego spichrze nad Brdą w większym stopniu wykorzystywano do magazynowania wyrobów kamionkowych, szkła, porcelany, wyrobów bednarskich i spożywczych.
Zmniejszenie liczby budynków magazynowych w Bydgoszczy przyniosły czasy okupacji hitlerowskiej w latach 1939–1945. W 1940 r. rozebrano spichlerz stojący naprzeciw wyspy św. Barbary, zaś w styczniu 1945 r. w wyniku ostrzału spaleniu uległ cały kompleks spichlerzy królewskich w zakolu Brdy. Ocalałe z pożogi wojennej obiekty spełniały rolę gospodarczą do lat 60. XX wieku. W 1960 r. w wyniku pożaru utracono dwa spichlerze w kompleksie nad Brdą, a pozostałe trzy przeznaczono na cele muzealne i administracyjne. W 1975 r. Muzeum Okręgowemu przekazano natomiast dwa obiekty na Wyspie MłyńskiejSpichlerz Biały i Czerwony wraz z 3 innymi budynkami..
Dzisiaj szachulcowe spichlerze stanowią symbol Bydgoszczy nawiązujący do tradycji handlowej miasta, związanej z żeglugą śródlądową.
Charakterystyka Większość spichlerzy bydgoskich zbudowano w konstrukcji szachulcowej.