W XIX w. i w okresie zaborów pruskich usunięto i rozebrano rozległe fragmenty dawnej zabudowy obronnej – mury miejskie, baszty i bramy – a także dokonano kasat klasztorów i przekształceń funkcji kościołów. W efekcie historyczny układ urbanistyczny i wiele obiektów sakralnych oraz klasztornych utraciło swój dawny charakter.
Spośród wielu rozebranych budowli warto przypomnieć o kilkuW nawiasach lata wyburzeń.: mury miejskie – część środkową wyburzono na pocz. XIX w., resztę pod koniec XIX w. bramy miejskie: Kujawską (1817), Gdańską (1817), Poznańską (1828), najstarszy bydgoski kościół pw. św. Idziego (1879), zespół klasztorny karmelitów (1817-1890), ruiny zamku Kazimierza Wielkiego wraz z niwelacją wyspy grodowej (1895), stary ratusz stojący pośrodku Rynku (1830-1834), obiekty mennicy (1831), kościoły: św. Stanisława (1818), stary św. Trójcy (1829), św. Krzyża (1834),