ich podstawą była Fizyka i Meteorologia Arystotelesa. Od końca XV do początku XVII wieku profesorowie Akademii prowadzili systematyczne, codzienne zapisy pogody (zebrano około 10 tys. spostrzeżeń). Odbiciem wielkich odkryć geograficznych było skonstruowanie w 1510 roku Globusa Jagiellońskiego, jednego z najstarszych przedstawiających Amerykę Południową jako odrębny kontynent. Jan ze Stobnicy był autorem mapy świata (1512), która jako pierwsza w Polsce ukazała się drukiem. Uwzględniała ona Amerykę Południową jako osobny kontynent. Rozszerzył on również tablice współrzędnych geogr. Ptolemeusza na półkulę zachodnią i podał metodę wyznaczania położenia geograficznego. Z Akademią Krakowską związany był również Maciej z Miechowa, autor Traktatu o obu Sarmacjach (1518 r.), pierwszej nowożytnej pracy o Europie Wschodniej, przeczącej istnieniu w jej obszarze gór Rifejskich i Hiperborejskich (jednego z dogmatów geografii starożytnej i średniowiecznej), skąd miały wypływać wszystkie rzeki. Przewrotu w astronomii dokonał Kopernik ogłoszeniem w De revolutionibus orbium coelestium teorii heliocentrycznej budowy Układu Słonecznego. Pod jego kierunkiem wydano w Gdańsku w 1540 r. pierwszy pomiar deklinacji magnetycznej w Polsce.