II faza konfliktu Tikál potrzebowało blisko półtora wieku żeby podnieść się po tej klęsce, jednak na niekorzyść Calakmul, w końcu im się to udało. W dużej mierze dokonał tego król Nuun Ujol Chaak, który wstąpił na tron Tikál w 657 roku i pragnął przywrócić mu jego dawną świetność.
Udało mu się podporządkować dotychczasowego sojusznika Calakmul – Naranjo. Z jego pomocą zaatakował Caracol, wciąż najsilniejszego sojusznika Calakmul. Calakmul zmobilizował wojsko, aby pomóc sojusznikowi. Rozpoczęła się druga faza konfliktu, trwająca około 22 lata, która objęła całą centralną część półwyspu Jukatan. Doprowadziła do wyniszczenia wielu miast, łącznie ze wspomnianymi czterema. Najbardziej ucierpiało Tikál, które oprócz wojny z Calakmul, miało przez wiele lat do czynienia z wojną domową. Jednak zapał Nuun Ujol Chaaka, podobny do dawnego zapału Świadka Nieba, nie pozwolił upaść Tikál całkowicie. Co więcej, Tikál było w stanie wystawić jeszcze przeciwko Calakmul dość liczne wojsko.
Do ostatecznej bitwy tej wojny doszło 30 kwietnia 679 roku.