Porzucono autorski XnGine, który zastąpiono licencjonowanym silnikiem NetImmerse, obsługującym Direct3D, transform and lighting, tekstury trzydziestodwubitowe czy animację szkieletów. Microsoft pomagał twórcom w opracowaniu wersji na swoją konsolę, m.in. udzielając porad odnośnie do tego, jak zamaskować lub obejść jej ograniczenia techniczne. Przykładowo, kiedy kończyła się pamięć podręczna, na ekranie pojawiał się długi ekran ładowania, podczas którego program potajemnie resetował urządzenie, żeby zwolnić pamięć.
Skala projektu została znacząco zmniejszona względem początkowych planów – postanowiono skoncentrować się głównie na Dagoth Urze i mniejszym terenie. Kategorycznie odrzucono również możliwość zawarcia w Morrowindzie elementów gry wieloosobowej. Pomimo zmniejszenia skali projekt i tak stanowił dla studia ogromne przedsięwzięcie, a żeby mu sprostać, Bethesda potroiła liczbę pracowników. Rolston stwierdził po latach, że pomimo trzykrotnego zwiększenia liczby pracowników, czterdziestoosobowy zespół odpowiedzialny za Morrowind był niewielki w porównaniu z tym, który pracował nad The Elder Scrolls IV: Oblivion (2006).