W październiku 2009, z powodu braku porozumienia co do sposobu kontrolowania zdobytych terenów, doszło do zakończenia sojuszu między Szebabami (bojownicy organizacji Asz-Szabab) i Hizbul Islam. Od tego wydarzenia w wojnie domowej brały udział trzy strony. W wyniku waśni wśród rebeliantów, strona rządowa odbijała niektóre regiony utracone w ofensywie rebeliantów.
W 2010 walki toczyły się na południu kraju – między Hizbul Islam i Szebabami oraz w centralnej Somalii (głównie wokół Beledweyne między frakcjami rebelianckimi a strukturami milicji As-Sunna Wal Jamaaca, lojalnymi prezydentowi Ahmedowi, które zakończyły się sukcesem rebeliantów). Rebelianci, tym razem osobno, także w stolicy przeprowadzali pojedyncze ataki na siły AMISOM oraz patrole wojsk rządowych. 23 sierpnia 2010 Szebabowie ogłosili ostateczną wojnę przeciwko „najeźdźcom”, jak nazwano sześciotysięczny kontyngent żołnierzy Unii Afrykańskiej – AMISOM -stacjonujący w Mogadiszu. Wybuchły wówczas ciężkie walki w stolicy.
23 grudnia 2010 rebelianci z Hizbul Islam zdecydowali się na fuzję z ekstremistami z Asz-Szabab, wspieranych przez Al-Ka’idę. Wznowienie sojuszu na celu miało obalenie prezydenta Ahmeda i ustanowienie islamskiego kalifatu w Somalii.