Ciężkie kampanie wojenne zostały powstrzymane latem przez katastrofalną susze, która nawiedziła Somalię. W jej wyniku miliony Somalijczyków cierpiało głód, a 6 sierpnia Szebabowie opuścili stolicę. Jednak islamiści powrócili do działań partyzanckich i terrorystycznych. W najbardziej krwawym zamachu terrorystycznym z 4 października 2011 w Mogadiszu zginęło 139 osób. 16 października 2011 na południu Somalii doszło do inwazji wojsk kenijskich, w wyniku której spacyfikowano południe kraju. W listopadzie 2011 ponowną interwencję w Somalii podjęła Etiopia.
W lutym 2012 Al-Kaida oficjalnie potwierdziła ścisłą współpracę z Asz-Szabab. Tymczasem na południu kraju armie Etiopii i Kenii nadal działały w 2012 w południowej Somalii, odbijając z rąk rebeliantów kolejne miasta. W czerwcu 2012 wojska kenijskie dołączyły w skład kontyngentu AMISOM, który liczył wówczas ponad 17 tys. żołnierzy. W 2012 przeprowadzono transformacje polityczną. 23 czerwca 2012 przyjęto projekt nowej konstytucji. Ogłoszono harmonogram, według którego 20 sierpnia 2012 prezydent Ahmed ustąpił ze stanowiska, a 10 września 2012 na nowego prezydenta Somalii wybrano Hassana Sheikha Mahamuda.