Odnotowano krzyżowanie się kotika antarktycznego z subantarktycznym (Wyspy Księcia Edwarda, Macquarie, Wyspy Crozeta) i nowozelandzkim (Macquarie). Nie odgrywa ono jednak istotnej roli, jako że wyspę Macquarie zamieszkuje w ogóle 0,02% całkowitej liczebności gatunku.
Rozmieszczenie geograficzne Kotik antarktyczny występuje w wodach subantarktycznych i antarktycznych na południe lub na północ od strefy konwergencji antarktycznej oraz na rozproszonych wyspach w tej strefie, głównie na Georgii Południowej. IUCN wymienia też Szetlandy Południowe, Orkady Południowe, australijską wyspę Macquarie, francuskie Wyspy Kerguelena i Crozeta, Wyspę Mariona i Księcia Edwarda, Wyspy Heard i McDonalda, Wyspę Bouveta oraz Sandwich Południowy, Webber dodaje jeszcze Bird Islands. Regularnie wychodzi z wody na odpoczynek na Półwyspie Antarktycznym. Zwłaszcza samce wypoczywają latem na antarktycznym lodzie. Zabłąkane osobniki spotykano u wybrzeży Argentyny, Australii (wyspy Juan Fernandez), Brazylii (wyspy Gough), Chile, a także wysp Świętej Heleny, Wniebowstąpienia i Tristan da Cunha, we wschodniej Antarktyce sięgają Mawson Station.