Frank brał jednocześnie udział w „glajszlachtowaniu” życia naukowego i szykanowaniu naukowców – historyków, których naziści nie akceptowali. Jednym z nich był dawny wykładowca Franka – Hermann Oncken. Frank, w listopadzie 1936 założył Forschungsabteilung Judenfrage (Wydział badań nad kwestią żydowską), którego kierownikiem został . Wydział był konkurencyjną placówką wobec Institut zur Erforschung der Judenfrage (Instytutu badań nad kwestią żydowską), kierowanego przez Rosenberga. Frank przegrał konflikt z Rosenbergiem, tym bardziej, że protektor Franka – Rudolf Heß uciekł do Anglii. W wyniku tego został przymusowo urlopowany.

Ostatnie publikacje Franka przeszły niezauważone. Jedynie czasopismo „Forschungen zur Judenfrage”, wydawane od 1937, ukazywało się do 1944. Frank zamierzał opublikować obszerną biografię działacza kolonialnego Carl Petersa, którego uznawał za duchowego ojca narodowego socjalizmu. Nie ukończył swojego dzieła, opracowując pierwsze trzy tomy.