Bardzo szybko utożsamił się z ruchem nazistowskim i odnalazł w strukturach władzy. W 1934 został referentem w urzędzie Alfreda Rosenberga, jak też w sztabie Rudolfa Heßa, którego znał z okresu studiów. Został kierownikiem nowozałożonego Instytutu Historii Nowych Niemiec (Reichsinstitut fuer Geschichte des Neuen Deutschlands), który po 1935 stał się wiodącą placówką historyczną III Rzeszy.
Instytut Franka oferował młodym historykom możliwość robienia kariery, pod egidą NSDAP, bez konieczności przynależenia do partii. Najbardziej znanym stypendystą był Fritz Fischer. Liczni historycy, którzy po 1945 zajęli wysokie stanowiska w życiu uniwersyteckim, zajmowali się – pod kierunkiem Franka – kwestią żydowską, dostarczając argumentów na poparcie ludobójczych teorii nazistowskich. Wśród nich był znany historyk gospodarki .