wkrótce potem uzyskał stopień doktora teologii (30 sierpnia 1810) i doktora filozofii (12 października 1811). Angażował się w organizacyjne i naukowe działania Akademii, był przez kilka miesięcy sekretarzem Szkoły, wykładał teologię, przez rok był sekretarzem Dozoru Szkolnego, uczestniczył w pracach nad Kodeksem Napoleona, interesował się także historią Kościoła; prace swe zamieszczał w periodyku uniwersyteckim Miscellanea Cracoviensia (1814–1815), utwory okolicznościowe zaś w Gazecie Krakowskiej (1816). Dobre stosunki z władzami uniwersyteckimi po roku 1813 zaczęły się pogarszać (popadł w niełaskę Komisji Edukacji Publicznej); zarzucano mu nieprzestrzeganie przepisów uniwersyteckich i nietolerancję religijną. W roku 1816 sprzeciwiał się oddaniu przez senat uniwersytecki i konsystorz krakowski kościoła św. Marcina protestantom, za co Komisja Organizacyjna Trzech Dworów zawiesiła go od stycznia roku 1817 w czynnościach profesora (postawiono mu również zarzuty osobiste), a konsystorz zakazał mu wygłaszania kazań i pozbawił probostwa w kościele Wszystkich Świętych. Na swe ponawiane odwołania nie otrzymał żadnej odpowiedzi, odszedł więc z poczuciem krzywdy.