1 września 1919 roku został zwolniony z wojska.

Życie prywatne W 1911 roku ożenił się Antoniną Marią z Przesmyckich – malarką, z którą poznali się w Paryżu. Miał z nią trójkę dzieci: córkę Elżbietę (1913–1984, została żoną historyka, archiwisty i oficera ppłk. dr. Rocha Morcinka), syna Tadeusza (1915–1993) i syna Tomasza (1917–1918). Maria Antonina umarła w roku 1917 po urodzeniu trzeciego dziecka. W 1920 roku ożenił się po raz drugi – ze Stanisławą z Karpińskich (1885–1977) – nauczycielką.

Uniwersytet Poznański Jeszcze przed zwolnieniem z wojska, 4 lipca 1919, otrzymał propozycję objęcia stanowiska na nowo utworzonym Uniwersytecie Poznańskim. Skałkowski zgodził się i przeniósł się do Poznania. Tam został kolejno 19 listopada 1920 profesorem nadzwyczajnym, a 1 października 1921 profesorem zwyczajnym. Skałkowski w Poznaniu był kierownikiem katedry historii nowożytnej. Zerwał wtedy całkowicie z działalnością polityczną.