Był aktywny w wielu towarzystwach naukowych. Od 1913 był członkiem Komisji Historycznej Akademii Umiejętności, do 1930 członkiem Komisji Historii Wojskowości PAU, działał w Poznańskim Towarzystwie Przyjaciół Nauk, przewodniczył tam Komisji Historycznej. Był również członkiem od 1939 Towarzystwa Naukowego w Toruniu. Oprócz tego był członkiem redakcji „Kwartalnika Historycznego” i od samego początku był w składzie Komitetu Redakcyjnego i Radzie Polskiego Słownika Biograficznego. Ten okres przyniósł wiele cennych publikacji. Seminarium prof. A. Skałkowskiego cieszyło się ogromną popularnością na Uniwersytecie Poznańskim. W 1937 uczęszczało na nie 101 studentów.

W roku 1937 wraz z profesorami Florianem Znanieckim i Henrykiem Ułaszynem opublikował oświadczenie potępiające „ghetto ławkowe” i „wszelkie dążenia do ograniczenia praw ze względów wyznaniowych, narodowościowych, czy rasowych” na uniwersytetach. Podpisał również, jak wielu innych uczonych, protest przeciwko ekscesom antysemickim („Dziennik Literacki” nr 24 XII 1937).