Był przeciwnikiem komunizmu i odciągania studentów od zajęć na roboty „wykopkowe”. Publicznie, jako człowiek dużej odwagi, odcinał się od marksizmu. Bronił prof. Ludwika Jaxa–Bykowskiego, oskarżonego o przynależność do Stronnictwa Narodowego. Występował w obronie swego ucznia S. Wasylewskiego oskarżonego o kolaborację z Niemcami. Te posunięcia były przyczyną usunięcia go ze stanowiska dziekana. Na ostatnim seminarium 10 grudnia 1948 odbyło się jego pożegnanie. W styczniu 1949 komunistyczne władze przeniosły go na emeryturę; była ona tak niska, że musiał podjąć pracę w bibliotece uniwersyteckiej.

Zmarł 7 kwietnia 1951 w Poznaniu, pochowano go na cmentarzu Górczyńskim.

Materiały archiwalne Adama Skałkowskiego znajdują się w PAN Archiwum w Warszawie pod sygnaturą III-21Spis inwentarzy, Polska Akademia Nauk Archiwum w Warszawie, [dostęp 2024-01-03]., a także w Bibliotece Uniwersyteckiej w Poznaniu pod sygnaturą 35 IV.

W Poznaniu jego imieniem nazwano ulicę.