W 1939 po wybuchu wojny wyjechał z Poznania do Warszawy. Następnie w czerwcu 1940 przybył na zaproszenie Wielopolskich do Chrobrza w Kieleckiem, gdzie współpracował ze swoim cenionym uczniem Gerardem Labudą, opiekował się córką i wnuczką. Pozostał tam do końca wojny, prowadząc tam na zlecenie rodziny badania w archiwum rodzinnym Wielopolskich. Równocześnie Skałkowski brał udział w tajnym nauczaniu w Częstochowie na Uniwersytecie Ziem Zachodnich. Spisał w tym czasie wspomnienia.
Po wojnie z powrotem podjął pracę na Uniwersytecie w Poznaniu. Znowu dał się poznać jako świetny organizator pomagając ludziom poszkodowanym przez wojnę i odbudowując zbiory archiwalne i biblioteczne. W latach 1945–1947 był dziekanem Wydziału Historyczno-Filozoficznego. Nadal był aktywny jako naukowiec, dużo publikując, współpracując z Polskim słownikiem biograficznym. Działał w towarzystwach historycznych, był członkiem czynnym PAU i członkiem zarządu Polskiego Towarzystwa Historycznego.