Dzięki rajcy Ernestowi Lichtfussowi odbudowano przedmieścia Torunia (m.in. śluzę w Lubiczu, obiekty przemysłowe w Przysieku, kościół w Górsku). Podczas rokoszu Lubomirskiego w Toruniu przebywał król Jan II Kazimierz Waza, który zwiększył wielkość gwardii królewskiej do 1000 żołnierzy jednocześnie obiecując, że część kosztów ich utrzymania pokryje skarb królewski. Podczas pobytu w Toruniu król potwierdził wszystkie dotychczasowe prawa i przywileje miasta. Królewski garnizon wycofano w dniach 18–19 maja 1668 roku. Podczas panowania Michała Korybuta Wiśniowieckiego miasto nie angażowało się w konflikt pomiędzy dworem, wspieranym przez konfederację gołąbską, a malkontentami próbującymi zdetronizować króla. Michał Korybut Wiśniowiecki zmarł 10 listopada 1673 roku. Od końca lipca 1674 roku do końca marca 1675 roku w Toruniu przebywała wdowa po Michale Korybucie Eleonora Habsburżanka.