Wśród niezbędnych inwestycji wskazano: budowę kanału przez Mierzeję Wiślaną, przebudowę wejścia do portu, budowę bocznicy kolejowej oraz terminalu przeładunkowego, budowę nowego mostu na rzece Elbląg w Nowakowie, rozbudowę terminalu przeładunkowego przy ul. Radomskiej wraz z instalacją suwnicy oraz budowę obrotnicy dla statków przy wejściu z rzeki Elbląg do Kanału Jagiellońskiego. Jako przewidywany termin realizacji wymienionych inwestycji wskazano rok 2020.
17 września 2022 miało miejsce otwarcie kanału przez Mierzeję Wiślaną, co pozwala na przepłynięcie statków z Morza Bałtyckiego w obrębie wód państwa polskiego, bez konieczności korzystania z cieśniny Piławskiej, kontrolowanej przez władze rosyjskie. Długość drogi z Zatoki Gdańskiej skróciła się o ok. 100 km do 23 km.
11 lutego 2026 rozstrzygnięto konkurs na koncepcję budowy terminala T2 w Elblągu.
Instytucje w Porcie Elbląg Zarząd Portu Morskiego w Elblągu Kapitanat Portu Elbląg Graniczna Stacja Sanitarno-Epidemiologiczna w Elblągu Placówka Straży Granicznej w Elblągu Urząd Celny w Elblągu Hanza Shipping – agencja morska
Ruch graniczny w porcie może odbyć się poprzez morskie przejście graniczne Elbląg.