Po doręczeniu w listopadzie 1940 decyzji papieskiej, Szeptycki zwołał egzarchów, przekazał im treść listu, i stwierdził, że nie posiada nawet uprawnień do odebrania ich rezygnacji. Egzarchowie mieli we własnym sumieniu zdecydować, co zamierzają dalej robić. Po kilkumiesięcznym namyśle wszyscy czterej egzarchowie na synodzie 13-16 czerwca 1941 we Lwowie (bez udziału Szeptyckiego), zdecydowali kontynuować działalność religijną do czasu otrzymania kolejnej decyzji. Uchwałę synodu przesłano do Watykanu. Papież nadał Szeptyckiemu uprawnienia delegata apostolskiego wobec egzarchów, potwierdził również ich nominacje.
Problemem dla Cerkwi stały się naciski władz sowieckich na księży (nałożenie wysokich podatków, skierowanie do pracy przy sadzeniu lasu i budowie dróg, aresztowania), w wyniku których księżą porzucali stan duchowny i przechodzili do lepiej płatnej cywilnej pracy (tak działo się na przykład w eparchii stanisławowskiej).