19 kwietnia 1940 we Lwowie rozpoczął się Synod Arcybiskupi. Omawiano na nim metody działalności Cerkwi w realiach sowieckiej rzeczywistości. W Synodzie brało udział 80 duchownych. Po zakończeniu Synodu (17 sierpnia) 14 jego uczestników zostało aresztowanychG.Mazur, J.Skwara, J. Węgierski – "Kronika 2350 dni wojny i okupacji Lwowa", s. 128-129.
30 maja 1940 papież Pius XII unieważnił poprzednio wydane Szeptyckiemu uprawnienia na działalność na terenie ZSRR. 2 czerwca wydano dokument unieważniający, jednak wysłano go do Lwowa dopiero w listopadzie 1940. W międzyczasie, 18-19 września 1940 odbył się tajny synod egzarchów, na którym potwierdzono postanowienia synodu piotrogrodzkiego z 1917, oraz zredagowane własne, a sumie w 100 kanonach. Postanowiono również, że egzarchaty będą podlegać bezpośrednio Stolicy Apostolskiej i zaplanowano ich pracę.