Status placówki duszpasterskiej jako centrum kultury słowiańskiej w Wiedniu utrwalał się przez kolejne dziesięciolecia.
Starania o budowę samodzielnej cerkwi w stolicy Austro-Węgier rozpoczął proboszcz Michaił Rajewski w latach 60. XIX w., jednak zmarł w 1884, zanim zdołał zebrać od dobrowolnych ofiarodawców niezbędną sumę. Zgromadzone przez niego 22 tys. rubli zostały przeznaczone na wzniesienie niewielkiej cerkwi cmentarnej św. Łazarza na Centralnym Cmentarzu w Wiedniu w 1895. Starania o budowę soboru prawosławnego były jednak kontynuowane z poparciem ambasadora Łobanowa-Rostowskiego. Zyskał on wsparcie finansowe cara Aleksandra II, który przekazał na budowę 200 tys. rubli, drugą taką samą sumę przekazano z wpływów z podatków. Dzwony dla cerkwi ufundował ówczesny ambasador rosyjski Piotr Kapnist wraz z małżonką.
Uroczyste poświęcenie soboru miało miejsce 17 kwietnia 1899 z udziałem arcybiskupa chełmskiego i warszawskiego Hieronima oraz księży rosyjskich pracujących w cerkwiach przy rosyjskich placówkach dyplomatycznych w Budapeszcie, Dreźnie, Berlinie, Stuttgarcie i Pradze oraz księża z serbskiej i greckiego parafii prawosławnej w Wiedniu.